BOTEK Andrej :  Veľkomoravské kostoly na Slovensku a odraz ich tradície v neskoršom období. Bratislava : Post Scriptum, 2014. ISBN978-80-89567-37-9. Recenzenti : Prof. J. Usćinowicz, Ing. arch. I. Gojdič, PhDr. J. Lacková, Mgr. P. Kresánek.
BOTEK, Andrej : Veľkomoravská architektúra na Slovensku, najnovšie poznatky a stopy jej kontinuity v neskoršom vývoji. In : Tradícia a prítomnosť misijného diela sv. Cyrila a Metoda. Univerzita Konštantína Filozofa v Nitre, Filozofická fakulta, Nitra : 2013. ISBN 978-80-558-0401-9, s. 163-168.  Zodp. Redaktori : Mgr. Lukáčová, Martina, PhD, Mgr. Husár Martin, PhD, doc. PhDr. Ivanič, Peter, PhD, doc. PhDr. Hetényi Martin, PhD. Recenzenti : prof. PhDr. Dalimír Hajko, Dr.Sc, PhDr. Milan Hanuliak, Dr.Sc, doc. PhDr. Emil Horák, CSc.
BOTEK, A., ERDÉLYI, R., VACHOVÁ, B. : Varianty metodiky prezentácie hodnotných vrstiev a nálezov v interiéri Kostola sv. Margity Antiochijskej v Kopčanoch. In : Archaeologia Historica, 40/2015/2, Masarykova Univerzita Brno, : Brno,  2015, ISSN : 0231-5823 print, 2336-4386 online, S. 661-681
BOTEK, Andrej : Kostol sv. Margity Antiochijskej v Kopčanoch – vývojové etapy a otázky metodiky obnovy. In : Monumentorum tutela. Ochrana pamiatok 22. Pamiatkový úrad Slovenskej republiky, Bratislava : Lúč 2010, ISBN 978-80-89175-44-4, s 29-51
BOTEK Andrej : Kostol a kláštor kapucínov v Bratislave. In : Bratislava XVII, 2005. Zborník Mestského múzea v Bratislave, Bratislava : Mestské múzeum v Bratislave, 2005. ISBN 80-969270-2-7, ISSN 0524-2428, s 65 - 94 /vyšlo 2006/.
BOTEK Andrej : Výtvarné dielo v sakrálnej architektúre. In : Hlinický J. a kol. : Sakrálny priestor na začiatku 21. storočia. Publikácia s riešením projektu Tvorba sakrálneho priestoru na začiatku 21. storočia /grant VEGA 1/6233/99/. Trnava : Fakulta Humanistiky a Inštitút kresťanskej kultúry TU, 2001 /2002/, ISBN 80 – 89074 – 13 –8, s 65 – 70
BOTEK Andrej : Veľkomoravská bazilika na bratislavskom hrade. In : Verbum Historiae 1/2014. Vedecký E-časopis Katedry histórie Pedagogickej fakulty UK v Bratislave Ed . : Mgr. Makyta, P., Viršinská, M., PhD. Recenzenti : prof. PhDr. Lukačka, J., PhD, prof. PhDr. Petruf, P., PhD. Bratislava : Katedra histórie PFUK, ISSN 1339-4053, s. 7 -34. http://www.fedu.uniba.sk/fileadmin/user_upload/editors/KH/Prednasky/Verbum_Historiae_1-2014.pdf
BOTEK Andrej : Problematika uplatnenia zaniknutých hodnôt historickej štruktúry na príklade bratislavského Podhradia. In : Monumentorum Tutela. Ochrana pamiatok 20. Zborník príspevkov, ktoré odzneli na medzinárodných konferenciách Hodnoty a perspektívy architektúry a aurbanistických štruktúr 50. a 60. rokov 20. storočia, Nitra, 30.9.-2.10.2009 a konzervácia verzus rozvoj pamiatkového prostredia, Bratislava, 6.-7.11.2009. Pamiatkový úrad Slovenskej republiky, Bratislava, 2009, ISBN 978-80-89175-30-7, s. 453 – 482.
BOTEK Andrej: Súčasné umenie v kontakte so sakrálnom. Výzvy a neporozumenia. In : kríza kresťanskej kultúry? Znepokojenie – nádej – perspektívy. Zborník prednášok z konferencie, ktorá sa konala 30.11.2007 v aule RKCMBF UK v Bratislave. Trnava : Filozofická fakulta Trnavskej univerzity v Trnave, 2007. ISBN 978-80-8082-166-1, s. 44-55.
BOTEK Andrej : Ikonologické riešenie historických kapucínskych kostolov na Slovensku. In : Studia archeologica Slovaca Mediaevalia V 2006. Zborník príspevkov zo sympózia Človek - Sacrum - Profanum, Kláštorisko, 25.-27. augusta 2005. Levoča : MTM pre Kláštorisko, 2006, ISBN 80-89187-15-3, s. 325-366.